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美國國家航空航天局( NASA )飛往太陽系天體的太空行動要能夠維持生命，或者可能要維持處于基本進化狀態的生命，對于太空船表面上的最大孢子數有嚴格的限制要求；隨著潔凈室規程效率的提高，這些限制等級很可能會慢慢地降低。 當然其它航空類的潔凈室要求也基本上差不多。

幾項前景看好的技術可以幫助承包商降低孢子數，達到可接受的水平，快速測定微生物，并確定飛船微生物的詳細基因組。

一、航空潔凈室/無塵室要求：

NPR 8020.12 允許采用其他方法替代125°C干熱滅菌，只要程序和質量控制得到NASA行星保護官方( PPO )批準。然后，這些方法就會在得到批準的PP (行星保護)計劃中被列出。通過引用規格數字，飛行器硬件圖紙可以采用這些微生物減量方法。微生物屏障可用于防止先前經過消毒的區域被重復污染；至少1,244 Pa ( 5英寸水柱)的壓力才能滿足防止微生物入侵的需要。高效空氣過濾器HEPA (0.3 μm，效率99.97% )也是一種公認的高效微生物屏障。NASA要求航天飛船的裝配要在最低限度為ISO 8級( Fed. Std. 209E Class 100,000 )的潔凈室中進行。

二、航空潔凈室/無塵室設計：

對于一個火星登陸任務，整個航天飛船所能允許的最大孢子數為300,000 (或<300個細菌芽孢/m2)；所有的其它目標仍然有一個邊坡穩定性概率( probabilistic )要求。每個航天飛船的所有表面區域可以有300,000個孢子的數量，適用于火星的非特殊區域(大多數表面)；而包括硬件內的有機體(如罐封膠囊)在內，總允許量為500,000。海盜號以及其它接觸“特殊區域”或尋找生命的航天飛船必須滿足300,000的要求，并且通過干熱滅菌將表面生物載荷降低到10,000，這意味著在飛船表面的所有可見孢子將不會超過30個。

多數的航空無塵室都有未知的微生物沉積率和表面微生物群體，通常并沒有可立即投入使用的微生物實驗室。當建造一個合適的微生物學實驗室，以實施NPR 5340.1時，PP程序首先要做的是使它們的無塵室盡可能的無菌。為此可以建造一個臨時實驗室，使用100級( ISO 5級)潔凈工作臺，并設有臺式恒溫箱。采用市場上有售的沉降板（捕捉微生物輻射塵）和基于胰酶大豆瓊脂（TSA）的接觸板（測定潔凈室表面），就可以完成對航空潔凈室（包括熱真空室，聲學和振動設施），以及相關的設備的初步檢測。這些程序主要是設計用來檢測并計算異養菌、嗜溫菌、好氧/厭氧微生物的數目的。則可能在太空和行星環境下存活下來的微生物有喜鹽生物、某些品種的芽孢桿菌和極端微生物。